Hver farvevariation har sin egen charme, og farverne påvirker ikke schæferhundens temperament eller egenskaber. Hvis du ønsker en bestemt farve, kan du tale med opdrættere via klubbens opdrætterliste for at finde ud af, hvilke farver der kan være tilgængelige i deres linjer.
Sort og tan
Den mest kendte farvekombination for schæferhunde. Sort dækker normalt ryggen som en "sadeltaske," mens tan (brun) vises på ben, ansigt og bryst.
Sort og rød
Ligner sort og tan, men med en rigere, rødlig farve i stedet for tan. Denne kombination ses ofte i udstillingslinjer.
Grå/sable
En naturlig blanding af farver, hvor hver hårstrå er båndet med flere nuancer, hvilket giver et smukt gradient-look. Sable-hunde kan variere fra lysegrå til mørkegrå, fra lysebrune til rødlige og næsten sorte nuancer.
Sort
Hunden har en helsort pels uden andre aftegninger. Denne farve ses sjældnere, men er fuldt accepteret i racestandarden. Den sorte pels skal være helt jævn og skinnende, hvilket giver hunden et imponerende og kraftfuldt udseende.
Bicolour / Duocolur
Denne farvevariant er kendetegnet ved en overvejende sort pels med minimale aftegninger i anden farve, typisk tan eller rødbrun. Disse aftegninger er oftest begrænset til områder som ben, bryst og undertiden ansigtet.
BEMÆRK: Selvom hvid er en smuk variation, diskvalificeres hvidt fra udstillinger i mange kennelklubber, da det ikke er i overensstemmelse med racestandarden. I Danmark betragtes den hvide schæferhund (også kendt som Hvid Schweizisk Hyrdehund) som en separat race, som er officielt godkendt af FCI, som sin egen race, dvs. med egne avls- og udstillingskrav.