Hver farvevariation har sin egen charme, og farverne påvirker ikke schæferhundens temperament eller egenskaber. Hvis du ønsker en bestemt farve, kan du tale med opdrættere via klubbens opdrætterliste for at finde ud af, hvilke farver der kan være tilgængelige i deres linjer.
Sort og gul
Den mest kendte farvekombination for schæferhunde. Sort dækker normalt ryggen som en "sadeltaske," mens gul vises på ben, ansigt og bryst.
Sort og brun
Ligner sort og gul, men med en rigere, brunrødlig farve i stedet for gul. Denne kombination ses ofte i udstillingslinjer.
Grå
En naturlig blanding af farver, hvor hver hårstrå er båndet med flere nuancer, hvilket giver et flot farveforløb. Fælles for dem alle er, at selve huden under pelsen er lys, uanset pelsens farve. Dette adskiller dem fra f.eks. sort eller mørkere pigmenterede hunde, hvor også huden kan være mørkere.
Der er både grå, grå/gule og grå/brun jf. racestandarden.
Sort
Hunden har en helsort pels uden andre aftegninger. Denne farve ses sjældnere, men er fuldt accepteret i racestandarden. Den sorte pels skal være helt jævn og skinnende, hvilket giver hunden et imponerende og kraftfuldt udseende.
BEMÆRK: Farven hvid indgår ikke i racestandarden. Hvid Schweizisk Hyrdehund er en separat race (officielt godkendt af FCI, som sin egen race, dvs. med egne avls- og udstillingskrav).